Czyste filtry o określonej przepustowości powietrza gwarantują niezakłócony transfer powietrza z zewnątrz, następnie przez filtr nawiewny, wymiennik ciepła, filtr wywiewny aż do pomieszczeń. Filtry należy wymieniać co najmniej raz na 3 miesiące. Są one podstawą poprawnego działania całego systemu rekuperacji.
Kiedy dojdzie do utrudnienia przepływu strumienia powietrza właśnie przez zapchane brudem tkaninę filtracyjną na filtrze, nie dochodzi do prawidłowej wymiany powietrza. Zabrudzeniu, a w konsekwencji zniszczeniu, może także ulec wymiennik rekuperatora. Warto pamiętać, że filtry montowane są nie tylko w rekuperatorze, ale także w gruntowym wymienniku ciepła.